En dicho parque zoológico, según esta Asociación se mantienen muchos animales en instalaciones indebidas desde el punto de vista higiénico-sanitario, por la escasa dimensión de las jaulas (generalizado, pero claramente comprobable en el caso de los osos, leones, tigres, leopardos, cocodrilos, monos) el hacinamiento de los animales (varias especies de ungulados como muflones, cabras, jabalíes), la escasa limpieza (con acumulación de excrementos y restos de comida, como suele ocurrir en las jaulas de papagayos, loros, ardillas..., la existencia de agua sucia en muchos bebederos...
También denuncian que en este centro se observa posesión y exhibición de especies protegidas por la legislación autonómica, entre otros han detectado tejones, lobos, osos pardos.
Critican además la tenencia de animales salvajes no adaptados a la cautividad sin que se cumpla la excepcionalidad que permite la ley de emplearse estos animales para investigación o conservación de especies, observándose comportamientos estereotipados (repetición de una misma acción numerosas veces), automutilaciones o estado depresivo en muchos de los animales.
Ecologistas en Acción de Extremadura ha pedido una exhaustiva revisión de los permisos de tenencia de los animales, ya que sospechan se puede estar produciendo la posesión de animales no censados y/o identificados de acuerdo con la normativa. Piden se investigue si en estas instalaciones se lleva a cabo la venta de pieles de animales y si se pueden estar vendiendo animales silvestres vivos sin contar con la autorización pertinente a que obliga la legislación.
Por último denuncian como infracción muy grave que en estas instalaciones se está produciendo maltrato animal, al someterlos a condiciones de cautiverio extremas, por las reducidas dimensiones de las jaulas, sin ningún parecido con sus hábitats naturales. Consideran como agravante la gran trascendencia social que tiene, ya que se encuentra calificado como el peor zoo de España, dando una imagen lamentable de Extremadura. A esto se une el estado de deterioro por negligencia de unas instalaciones ya de por si muy deficientes en su construcción.
Ecologistas en Acción de Extremadura indica que los animales al ser en su mayoría alóctonos no pueden liberarse al medio natural ya que dañarían gravemente a las especies autóctonas (la introducción de especies foráneas es considerada, por algunos especialistas, como la primera causa de extinción de especies en el mundo) y podrían propagar enfermedades adquiridas en su prolongado cautiverio
También han pedido se les informe del resultado de la denuncia que el propietario de este zoo tuvo en el verano de 2002 con motivo de la tenencia, de forma ilegal, de varios ejemplares de Tortuga Mora y que en su momento fue denunciado por el SEPRONA.
Diversas organizaciones (Recal, Dema, Amus, Adenex, Asanda, Asociación Protectora de Animales “El Buen Amigo”) han manifestado su rechazo al zoo de Almendralejo y están presentando o han presentado denuncias.